Tháng 1 năm 1989, Thủ tướng Úc Bob Hawke đưa ra lời kêu gọi kiến tạo một sự hợp tác kinh tế hữu hiệu hơn cho toàn vùng châu Á -Thái Bình Dương. Kết quả của lời kêu gọi này là Hội nghị đầu tiên của APEC tổ chức tại Canberra, Úc vào tháng 10, Hội nghị đặt dưới quyền chủ tọa của bộ trưởng ngoại giao Úc, Gareth Evans. Với sự tham dự của các bộ trưởng đến từ 12 quốc gia, Hội nghị kết thúc với lời cam kết sẽ tổ chức Hội nghị hàng năm tại Singapore và Hàn Quốc.

Hội nghị Các nhà lãnh đạo APEC được tổ chức lần đầu vào năm 1993 khi Tổng thống Hoa Kỳ Bill Clinton nhận ra rằng ông có thể sử dụng Hội nghị cấp cao này như một công cụ hữu hiệu giúp đem vòng đàm phán Uruguay (của WTO), lúc ấy đang lạc hướng, trở lại với lộ trình ban đầu. Tổng thống quyết định mời các nhà lãnh đạo những nền kinh tế thành viên đến tham dự Hội nghị tại đảo Blake, tiểu bang Washington. Tại đây, các nhà lãnh đạo kêu gọi tiếp tục tháo gỡ những rào cản thương mại và đầu tư, với viễn kiến về một "cộng đồng châu Á-Thái Bình Dương" sẽ tiến đến thịnh vượng thông qua hợp tác. Trụ sở của APEC được đặt tại Singapore.

Năm 1994, Bản dự thảo "Mục tiêu Bogor" của APEC được chuẩn thuận bởi Hội nghị các nhà lãnh đạo APEC tại Bogor nhắm vào mục tiêu mở rộng và tự do hóa các lãnh vực thương mại và đầu tư bằng cách giảm thiểu rào cản thuế quan trong khu vực châu Á – Thái Bình Dương đến mức ở giữa số không và năm phần trăm vào khoảng năm 2010 tại các nước đã công nghiệp hóa và năm 2020 tại các nước đang phát triển.

Năm 1995, APEC thiết lập một cơ quan tư vấn doanh nghiệp gọi là Hội đồng Tư vấn Doanh nghiệp APEC (ABAC) với thành phần nhân sự là các nhà lãnh đạo doanh nghiệp đến từ các nền kinh tế thành viên (mỗi nước cử ba người).

Năm 1997 khi Hội nghị các nhà lãnh đạo APEC họp ở Vancouver, Canada, một cuộc tranh luận gay gắt đã nổ ra khi các nhà chính trị đã yêu cầu lực lượng Cảnh sát Hoàng gia Canada (Royal Canadian Mounted Police, RCMP) sử dụng hơi cay chống lại những người biểu tình bất bạo động. Đoàn biểu tình phản đối sự hiện diện của một số nhà độc tài như tổng thống Suharto của Indonesia.

APEC đã đẩy mạnh vòng đàm phán thương mại mới và ủng hộ chương trình hỗ trợ kiến tạo năng lực thương mại tại Hội nghị các nhà lãnh đạo năm 2001 tại Thượng Hải, dẫn đến sự khởi đầu thành công của Nghị trình Phát triển Doha một vài tuần sau đó. Các nhà lãnh đạo cũng ủng hộ "Thỏa hiệp Thượng Hải" do Hoa Kỳ đề xuất, nhấn mạnh đến việc thực thi những cam kết của APEC nhằm mở cửa thị trường, cải cách cơ chế và xây dựng năng lực. Như là một phần của thoả hiệp, các nhà lãnh đạo cũng cam kết phát triển và thực thi những tiêu chuẩn về tính minh bạch (transperancy) của APEC, cắt giảm chi phí giao dịch thương mại trong khu vực châu Á – Thái Bình Dương khoảng 5% trong vòng 5 năm, và theo đuổi chính sách tự do mậu dịch liên quan đến các sản phẩm kỹ thuật và dịch vụ.

Thủ lĩnh nhóm Hồi giáo cực đoan Jemaah Islamiah, Hambali, âm mưu tấn công Hội nghị cấp cao APEC họp vào tháng 10 năm 2003 tại Bangkok. Hambali bị cảnh sát Thái bắt giữ ở thành phố Ayutthaya gần Bangkok ngày 11 tháng 8 năm 2003, trước khi người này có thể hoàn tất kế hoạch tấn công của mình.

Năm 2004, Chile là quốc gia đầu tiên tại Nam Mỹ đứng ra tổ chức Hội nghị các nhà lãnh đạo APEC. Nghị trình năm 2004 của APEC tập chú vào các vấn đề khủng bố và thương mại, phát triển doanh nghiệp vừa và nhỏ và chuẩn bị cho Thỏa ước Tự do Mậu dịch và Thỏa ước Thương mại Khu vực.

Năm 2005, Hội nghị tổ chức vào tháng 11 tại Busan, Hàn Quốc, tập chú vào vòng đàm phán thương mại Doha dự định được đem ra thảo luận tại Hội nghị bộ trưởng WTO họp tại Hồng Kông vào tháng 12 trong năm. Trước đó, các cuộc thương thảo đã được tổ chức tại Paris giữa các quốc gia thành viên WTO, trong đó có Hoa Kỳ và Liên minh châu Âu (EU), đặt trọng tâm vào việc cắt giảm hàng rào thương mại nông nghiệp. EU phản đối các cắt giảm về thuế quan nông nghiệp vì nguy cơ làm tan rã tiến trình đàm phán, trong khi APEC cố gắng thuyết phục EU đồng ý cắt giảm phụ cấp nông nghiệp. Bên ngoài, các cuộc tụ họp phản kháng cách ôn hòa chống APEC diễn ra ở Busan nhưng không ảnh hưởng gì đến chương trình làm việc của APEC. Và tháng 11 năm 2017 Hội nghị cấp cao APEC được long trọng tổ chức tại Đà nẵng, Việt Nam.